因應政府組織改造，交通部將原各港務局整合，將執行公權力及商業行為之部門「政商分立」，成立交通部航港局及臺灣港務股份有限公司。配合新單位之成立，並同步修正小船管理規則等法令，將小船檢查及丈量等業務回歸由交通部航港局辦理，並經行政院核定自今（103）年7月1日起施行。

依照船舶法及小船管理規則之規定，長久以來南投縣日月潭地區小船檢查、丈量及發照等業務，均由南投縣政府辦理。配合本次組織調整，交通部航港局亦設置中部航務中心，辦理中部地區縣市及金門縣之小船檢查丈量工作。自民國102年底起已與縣府辦理「實船核對」，核對船體及船籍資料等，以進行移交的準備工作，目前已接近完成。但實船核對過程中，發現有部分小船尺寸不合及主機資料不符之情況，縣府將於近期通知船主辦理特別檢查，若業者於7月1日前未辦妥，航港局接辦後將依船舶法相關規定禁止航行，請各船主儘速配合辦理。

觀光處表示，小船檢丈業務回歸航務中心辦理後，將可使小船檢丈業務回歸全國一致性標準，由航政專業機關檢查，更可提升工作之專業度及船舶之安全性。因中部航務中心較遠，縣府也將持續協調航港局及渡船公會，持續提供代收件的服務，以便利本縣日月潭地區之業者。