莫拉克風災造成縣內包括水里、信義等鄉鎮上百戶民宅毀損或成為危樓，南投縣政府基於重建「離災不離村、離村不離鄉，集體遷居至離鄉最近之安全地點」原則，除共於縣內興建了四處永久屋186戶，以安置受災民眾外，信義鄉隆華國小重建案也在各界同心協力下，將於7月5日落成啟用。

莫拉克颱風災後，考量復建工程時效性、安全性，並應兼顧效率、品質，為在有限時間內如期如質完成數量龐大的復建工程，縣府及鄉鎮市公所無不積極戮力趕辦，截至102年6月20日止，98年莫拉克颱風災後重建工程計核定1,380件標案，總經費48億3,363萬8千元整，1,379件標案已完工、1件標案發包執行中。

據行政院公共工程委員會截至102年5月底統計，於莫拉克重建特別預算補助地方政府，平均總執行率97.47%、總達成率90.95%，本縣執行率高達99.99%，達成率99.5%，位列莫拉克颱風災區縣市達成率第一。南投縣也是全國所有受災縣市中第一個完成所有永久屋興建的縣市。

此外，受莫拉克影響，南投縣學校計41校受損，其中除隆華國小外，餘40所學校經迅速處理後均於98年8月31日開學日於原校上課。而隆華國小則因地基掏空嚴重傾斜，需做三階段安置就學，第一階段於神木社區活動中心復課，第二階段在神木社區興建組合屋教室，第三階段另覓尋安全適合學校用地進行重建。其中，第二階段安置於組合屋教室就學，已由中悅建設公司認養協助於98年9月中旬動工，於98年10月19日落成遷入新組合屋教室上課。

第三階段易地重建永久校舍部份，配合地方需求並以學生受教環境為優先考量，與地方共同尋找可進行重建之安全基地，並爭取補助經費辦理重建校地可行性評估工作，最終確認重建基地以台大實驗林30林班地桐子林段106號地最適合，而永久校舍興建亦爭取由中華民國紅十字會總會及中油公司共同認養重建已完成興建，預計於102年7月5日落成啟用。