鑑於近年來全球氣候暖化、棲地劣化、生物多樣性喪失、原冰封病毒源可能藉由候鳥遷移，疾病傳播風險升高。為早期預警家禽流行性感冒之發生，加強園區內野生動物族群健康監控，太魯閣國家公園保育課自98年即辦理一系列「生物保育暨防疫監測」工作計畫。其中「家禽流行性感冒(禽流感)監測計畫」係配合本處委託東華大學許育誠教授於長期執行鳥類繫放追蹤之便，協助採集野生鳥類樣本轉送相關單位檢驗，至101年底已採集近4000個樣本送檢，檢測結果顯示禽流感病毒皆為陰性。

太管處表示，為落實內政部營建署葉署長世文「把國家公園當成全球暖化在地證據的科學基地，鼓勵同仁長期調查、監測天候及物候的資訊」的指示，自98年起由同仁自行提出生物保育措施暨自辦監測計畫，並配合管理處委託辦理「代表性生態系經營管理計畫」，於相關研究團隊執行野外調查工作時，由保育課同仁和志工隨同採集鳥類檢體送檢，進行疾病監測。本(102)年度保育課委託辦理「全球氣候變遷生物監測─太魯閣國家公園鳥類長期監測計畫(二)」案將持續於園區各地繫放，延續上開合作模式，保育課亦提出「太魯閣國家公園102年度生物保育措施暨自辦監測計畫－家禽流行性感冒(禽流感)監測計畫」，以配合研究團隊之鳥類捕捉繫放時進行檢體採集，特別是於秋冬季候鳥遷移季節時進行，加強採樣，以防範禽流感之境外移入。

保育課同仁和志工自98年陸續隨同研究工作團隊定期於崇德、蓮花池山區、西寶(農場)、洛韶、合歡山區等地區進行鳥類野外調查和繫放工作，並採集鳥類檢體，截至101年底計採集超過4000隻次樣本送檢，已完成禽流感病毒檢測之樣本，結果均為陰性，顯示目前園區內野生鳥類面臨之流感風險仍屬較低。

102年亦持續進行相關監測工作，1至4月於園區已進行11次繫放作業，共採集近450個樣本，目前亦寄送至檢疫單位檢測中。因4月份已近候鳥北返之尾聲，判斷其禽流感的風險亦相對趨緩，未來本處仍持續加強監測，有關太管處近年之相關監測成果亦發表於 「2013年動物行為暨生態學研討會」。

太管處同時指出，雖然已送檢之樣本結果均為陰性，然從歷年研究和繫放資料，本園區內共紀錄留鳥115種、候鳥55種，顯示太魯閣地區之候鳥種類和數量可能被低估，即來自北方遷徙性候鳥的種類和數量比預期中多。為了預防和監控高病原性家禽流性感冒：如H5N1或H7N9，經由遷徙性鳥類帶毒入境，園區內野鳥禽流感之監測，實有長期持續性進行之必要，尤其是候鳥遷徙季節更應加強監測，以期早期發現早期預警。並期望藉由持續的採樣監測，主動探知動物族群變動情形，供環境監測及保育政策擬定參考並即早防範疫情。